สมาคมสถาบันการเงินของรัฐ เกิดจากความร่วมมือของสถาบันการเงินของรัฐ ทั้งหมด 9 แห่ง ได้แก่ ธนาคารอาคารสงเคราะห์ ธนาคารเพื่อการเกษตรและสหกรณ์การเกษตร ธนาคารเพื่อการส่งออกและนำเข้าแห่งประเทศไทย ธนาคารออมสิน ธนาคารกรุงไทย จำกัด (มหาชน) ธนาคารพัฒนาวิสาหกิจขนาดกลางและขนาดย่อมแห่งประเทศไทย ธนาคารอิสลามแห่งประเทศไทย บรรษัทประกันสินเชื่ออุตสาหกรรมขนาดย่อม และบรรษัทตลาดรองสินเชื่อที่อยู่อาศัย จดทะเบียนจัดตั้งเป็นสมาคมเมื่อวันที่ 17 เมษายน 2562 โดยเป็นการยกระดับจากเดิมที่เป็นเพียงสภาสถาบันการเงินของรัฐที่ไม่ได้มีสถานะเป็นนิติบุคคลตามกฎหมาย ให้เป็นนิติบุคคลตามประมวลกฎหมายแพ่งและพาณิชย์ มีวัตถุประสงค์ที่สำคัญเพื่อร่วมมือกับรัฐบาลในการพัฒนาทางเศรษฐกิจและสังคม โดยการใช้ทรัพยากรร่วมกันระหว่างสมาชิกได้อย่างมีประสิทธิภาพสูงสุด ส่งเสริม สนับสนุนการพัฒนาด้วยเครื่องมือต่างๆ เพื่อให้เกิดการทำงานของบุคลากรอย่างมีประสิทธิภาพเป็นไปตามกฎหมาย และส่งเสริมให้มีการอบรม ให้ความรู้ พัฒนาบุคลากร แลกเปลี่ยนความรู้และแนวปฏิบัติที่ดีร่วมกันระหว่างสมาชิก โดยมีภาพตรานกกวายุภักษ์อยู่ในเครื่องหมายของสมาคมแทนความเป็นสถาบันการเงินของรัฐในสังกัดกระทรวงการคลัง ที่มีความมั่นคง

ต่อมาได้มีพระราชบัญญัติยุบเลิกบรรษัทตลาดรองสินเชื่อที่อยู่อาศัย พ.ศ. 2563 ประกาศในราชกิจจานุเบกษา เมื่อวันที่ 23 กันยายน 2563 ยกเลิกกฎหมายที่เกี่ยวกับจัดตั้งบรรษัทตลาดรองสินเชื่อที่อยู่อาศัย และให้โอนกิจการ ทรัพย์สิน สิทธิ หนี้สิน ทุน และภาระผูกพันของบรรษัทตลาดรองสินเชื่อที่อยู่อาศัย ให้แก่ธนาคารอาคารสงเคราะห์ จึงเหลือสมาชิกที่เป็นสถาบันการเงินของรัฐ 8 แห่ง